综合管理部：主要任务是对“工程中心”内外部人才培养计划、国际国内学术交流与技术培训组织、财务、外事宣传及外事活动管理等工作，负责接受国家、省市、行业或部门及企业、科研机构和高等院校等单位委托的工程研究、设计和分析任务，并对“工程中心”所有项目实施招投标及过程管理。

        研究开发部：是“工程中心”的技术创新和产品研发的核心部门，致力于最适合中国婴幼儿生长的配方乳粉加工与质量安全控制技术的研发，满足母婴食品领域国家重大战略需求，加快国家母婴乳品领域共性关键技术攻关研究，完成搭建公共关键技术服务体系，形成持续创新能力。

        成果转化部：主要负责中心研究成果中试和应用示范研究，解决新产品生产加工过程中遇到的疑难技术问题，制定新开发产品和技术规程、规范及标准，担负起母婴乳品开发工程技术，特别是开发产品质量控制、临床应用评价与产品宣传的培训、指导及相关法规咨询服务，为全国婴幼儿乳粉安全生产培训高质量技术人才。

        质量控制部：负责与各加工厂及相关监督管理部门的业务联系，承接公司、中心及外来产品抽检、非常规指标的检测、新研发产品质量安全的检验检测与试用验证及原辅材料检测等相关检测工作，出具检测报告；负责检品收发、留样保存、仪器的管理与调试使用和质量监督、认证认定等工作。